Odnosi dve zemlje sežu do početka prošlog veka. Kraljevina Jugoslavija uspostavila je diplomatske odnose sa južnoafričkom Vladom aparthejda 1930. godine, a 1941. – 1945. otvorila je i generalni konzulat u Johanesburgu. Posle rata se grupa oficira i ratnih zarobljenika kraljevske vojske naselila u Južnoj Africi, što je pokrenulo talas jugoslovenske političke emigracije.
SFRJ je zatvorila generalni konzulat u Južnoj Africi, i povezala se sa crnačkim oslobodilačkim pokretima ANC (Afrički nacionalni kongres) i PAC (Pan-Afrički kongres). Veze su uspostavljane na konferencijama Nesvrstanih, gde su oslobodilački pokreti slali predstavnike. Na Prvoj konferenciji Nesvrstanih u Beogradu donešena je odluka o podršci borbe protiv aparthejda. U okviru jugoslovenskih stipendija za studente iz Globalnog juga, mnoge su dodeljene članovima oslobodilačkih pokreta kako bi unapredili svoje veštine i znanje, a prve Južnoafrikance poslali su ANC i PAC 1963. godine.
Zanimljivo da se u izveštaju CIA-e o vojnoj obuci palestinskih boraca od strane SFRJ, spominje da su veze sa južnoafričkim pokretima održavane i tokom perioda ekonomskog pada 1980-ih. Ponovni diplomatski odnosi uspostavljeni su tokom pada aparthejda početkom 90-ih, kada je aktuelni predsednik Južnoafričke Republike bio vođa najjačeg sindikata u zemlji – Nacionalne unije rudara. Po oslobođenju, Južna Afrika je primljena u Pokret nesvrstanih 1994. godine, a lider delegacije Pan-afričkog parlamenta na prošloj Konferenciji pokreta nesvrstanih bio je opozicioni lider Džulijus Malema.
Južnoafrička republika odbila je u startu da prizna nezavisnost Kosova i lobirala je među svojim susedima da povuku priznanje, a prema rečima ministarke odbrane Nosiviv Mapisa-Nkakule, time će i dalje nastaviti da se bavi.
