U osvit XVI veka, godine 1500, Portugalci, predvođeni istraživačem Pedrom Alvarešom Kabralom, došli su u Brazil. Jedna od prvih mera koje su došljaci preduzeli bilo je utamničenje lokalne populacije, brazilskih Indijanaca, i njihovo iskorištavanje kao robovske radne snage na plantažama šećerne repe i pamuka. Iskustvo sa njima je bilo loše, jer su brzo umirali u zarobljeništvu ili bežali ka najbližim indijanskim selima, posle čega bi nestajali bez traga. Portugalci su tada počeli da dovoze robove iz svojih kolonija u Africi, najvećim delom iz Angole.

S druge strane Atlantika slobodni ljudi i žene su hvatani kao zveri i utovarivani na po zlu čuvene robovske transportne brodove koji su za veliki broj crnaca značili smrt, a za one „srećnije“ doživotni gubitak slobode. Afrikanci su prvo pristizali u stotinama, a zatim u hiljadama, da bi konačna cifra dovedenih iznosila oko četiri miliona duša. Afrikanci su sa sobom doneli svoju kulturu. Kulturu koja nije zapisivana u knjigama niti čuvana u muzejima, već u telu, umu, srcu i duši, kulturu koja se prenosila sa oca na sina, kroz mnogo generacija. Imali su svoje rituale, muzičke instrumente, hranu i još mnogo drugih stvari koje su činile njihov način života.

Holanđani su kontrolisali delove severoistočnog Brazila između 1624. i 1654. godine. Kada su se, nakon objave rata Portugalu, obrušili na njihovu koloniju, napadajući gradove i plantaže duž severoistočne obale, robovi su napravili prve korake ka slobodi. Sa svakom holandskom invazijom, obezbeđenje na plantažama i u gradovima je bivalo sve slabije. Koristeći situaciju, robovi su bežali u šume tražeći mesto da se sakriju i prežive. Mnogi su posle uspešnog bega osnivali nezavisna sela, u istoriji poznata kao kilombo (quilombo). Kilomboi su bili vrlo bitni za razvoj kapoere. Bilo je najmanje deset kilomboa, svaki sa unutrašnjom organizacijom i komercijalnim vezama sa holandskim gradovima u blizini. Najznačajniji kilombo, Palmareš, sa svojim vođom, kraljem Gunga-Zumbom (njegovo ime Gunga-Zumba je kasnije skraćeno u danas poznato Zumbi) trajao je punih šezdeset sedam godina u dubinama šuma u oblasti Alagoaš, odbijajući sve napade portugalskih i kolonijalnih sila. Usled ogromne i stalne opasnosti, način borbe morao je da se prilagodi izgledu kilomboa, te prsa u prsa postaje osnovni metod borbe. Taj vid borbe, prema nekim istoričarima, još tada dobija naziv Capoeira de Angola, jer se jedno od značenja reči kapoera odnosi na nisku i gustu vegetaciju koja niče u predelima gde je posečena šuma, što je činilo idealna mesta za skrivanje i iznenadne napade, te su se i borci nazivali kapoere, a tek mnogo godina kasnije se ustaljuje današnji naziv, kapoeristi.

Počev od 1814. godine, robovlasnici i nadzornici na plantažama stavili su sve oblike afričkog kulturnog izraza pod zabranu. Do tada, kultura robova nije potiskivana jer su robovlasnici verovali da to kolonistima daje veću sigurnost, jer se, po njihovom mišljenju, forsiranjem različitih rituala kod različitih plemena može stvoriti razlika između njih, a time bi Portugalcima bilo lakše da kontrolišu i upravljaju svakom grupicom posebno. Ali, sa dolaskom Žoaoa VI i njegovog dvora, koji su bežali od Napoleonove invazije Portugala, stvari su se promenile. Došljaci su shvatili neophodnost uništavanja kulture jednog naroda da bi se njime dominiralo, pa je kapoeri suđeno na nekoliko nameštenih procesa koji su rezultirali zvaničnim stavljanjem praktikovanja veštine van zakona 1890. godine.

Sa potpisivanjem Zlatnog zakona, koji je ukinuo robovlasništvo, 1888. godine, novooslobođeni i odbegli robovi su teško nalazili svoje mesto pod suncem slobode, te većina njih tone u kriminal, povlačeći i kapoeru za sobom. Krajem 19. i početkom 20. veka, kapoerista u Rio de Žaneiru je bio odmetnik i kriminalac. Bande su lutale ulicama grada i terorisale stanovništvo, a tokom tranzicije Brazila od monarhije do republike, monarhisti i republikanci su ove bande vrbovali i zloupotrebljavali za vršenje političkog pritiska i razbijanje protesta političkih neistomišljenika. Motke, bodeži i britve su upotrebljavani da dopune štetu koju su nanosili već zastrašujući udarci kapoere.

Tokom karnevala najjači borci kapoere vodili su grupe po ulicama tog grada i gde god bi se dve takve grupe srele, krvoproliće bi bilo neminovno. Na poluostrvu Baija, sa druge strane, kapoera se razvijala kao ritual-ples-borba-igra i birimbau je postao nerazdvojni deo i komandant svake hode, koje su se ipak odvijale na skrovitim mestima, jer je kapoera još uvek bila van zakona. Ovde je veština odolela kriminalu jer je Baija bila na marginama političkog života Brazila.

Tokom ovog vremena su se isprele priče o legendarnim kapoeiristima, kao što su bili Zumbi i Besouro Cordao-de-Ouro (zlatni konopac) u Baiji, Nascimento Grande u Resifeu i Manduca da Praia u Riju, čija se imena čuju u pesmama i do današnjeg dana. Ipak, dve centralne figure kapoere 20. veka su bili Meštre Paštinja i Meštre Bimba.

Meštre Bimba (Manuel dos Reis Machado) je u Salvadoru otvorio akademiju u kojoj je podučavao „Regionalnu borbu sa Baije“ (Luta Regional Baiana), spoj Angola kapoere i još jedne brazilske borbe, batukea (batuque), kasnije poznatu pod nazivom Capoeira Regional. Otvaranje škole je omogućila Vargašova vlada, sa namerom da promoviše kapoeru kao brazilski nacionalni sport.

Sa otvaranjem Bimbine akademije počinje nova era u istoriji kapoere, jer su podučavana deca visokog staleža Brazila, te je time delimično izvučena iz isključivo kriminalnih krugova. Unikatna ličnost u bogatoj istoriji kapoere, majstor svih stilova i pristupa kapoeri, Meštre Bimba je sam promenio i podigao praktikovanje veštine do neslućenih visina, i time omogućio evoluciju, spasavajući je od zaborava, konzervativizma i svake druge očekivane i neočekivane budućnosti, izdižući veštinu iznad pitanja rase, religije, nacionalnog ili političkog, i stavljajući je rame uz rame sa veštinama istoka i zapada, a opet vešto čuvajući njen muzikalni imidž i tradiciju od izumiranja. Bimba je bio aktivan u kapoeri do kraja života, a čak je i na dan smrti, 5. februara 1974. godine, planirao da održi demonstraciju veštine. Ostao je čuven i po pravilima koja kao vodilju i dan-danas koriste mnogi kapoeiristi u svetu.

Evo tih pravila:

1. Ne pušite i ne pijte, upotreba duvana i alkohola je loša za vaš metabolizam i performanse.

2. Ne hvalite se svojim napredovanjem, umesto toga iskoristite ga kao element iznenađenja.

3. Izbegavajte razgovor za vreme treninga, umesto toga posmatrajte i učite posmatrajući.

4. Uvek vežbajte žingu.

5. Uvek izbegavajte udarce, ne blokirajte ih.

6. Svaki dan vežbajte osnovne tehnike.

7. Ne plašite se da priđete blizu svom protivniku, što više priđete, više ćete naučiti.

8. Trudite se da vam telo uvek bude opušteno.

9. Bolje je dobiti batine u hodi nego na ulici.

10. Svi pokreti (i napadački i odbrambeni) moraju imati svrhu.

11. Uvek budite stabilni na zemlji, akrobacije vas čine ranjivim.

12. Brzina igre mora poštovati ritam birimbaua.

13. Poštujte saigrača ako ne može da izbegne vaš napad.

14. Tokom vežbanja, iskusniji igrač mora poštovati nivo znanja mlađeg igrača.

Meštre Paštinja (Vincente Ferreira Pastinha) je 1942. godine otvorio školu Angola kapoere, pod nazivom „Sportski centar Capoeira Angole“ (Centro Esportivo de Capoeira Angola) u Pelorinju u Salvadoru. Sa tom školom, kapoera je prvi put prezentovana javnosti u svoj svojoj raskoši, sa svim tradicionalnim instrumentima i na način kako su to radili stari poznavaoci veštine. Paštinja je postao poznat kao „filozof kapoere“, zbog mnogih aforizama i mudrih izreka koji su nam ostali od njega.

Međutim, brazilska vlada nije delila njegov entuzijazam, te je zamoljen da napusti zgradu akademije zbog renoviranja. Zgrada mu nikada nije vraćena, već je pretvorena u restoran. Bolestan i skoro slep, u nemaštini, u devedeset drugoj godini, 13. novembra 1981. godine napustio je ovaj svet i otišao u legendu.

Napori ova dva velikana zauvek su promenili istoriju kapoere, otvorivši je za Brazil i ceo svet. Njihovi direktni i indirektni učenici, kao što su Bimbin sin Nenel (Nenel), Akordeon (Accordeon), Žoao Grande (João Grande), Žoao Pekeno (João Pequeno) i mnogi drugi, nastavljaju da šire nijhovu mudrost novim generacijama, pokazujući da je kapoera veština, ples, sport, igra, borba i vrsta umetničkog izražavanja slobode.